Palvelussa on seuraavia rajoituksia:
· Työntekijällä tulee olla suomalainen henkilötunnus. Keinotunnukselle tai henkilötunnuksettomalle ei voi laskea palkkoja Palkka.fi:ssä
· Palvelussa ei huomioida työehtosopimuskohtaisia määräyksiä
· Palkka.fi-palvelun kanssa yhteistyössä olevat työeläkeyhtiöt on listattu palvelun etusivulla
· Kotitalousvähennystä maksetuista palkoista voi hakea vain Suomessa tehdystä työstä
· Palvelun kautta ei voi laskea eikä ilmoittaa osinkoihin liittyviä suorituksia